疥疙洞遗址是近年来我国旧石器时代考古非常关键的新突破，具有重大的学术意义和科学价值。

第一，它是中国旧石器时代遗址中罕见的、保留了距今10—1.5万年间人类化石和丰富文化遗存的洞穴遗址，地层堆积基本连续，层位关系清楚，出土遗物性质明确，进一步丰富了中国境内距今10—5万间的关键考古资料。

第二，中国早期现代人化石的地点中包含文化遗物者极少，疥疙洞遗址不仅出土有距今3万年左右的现代人化石，还发现有丰富的、共生关系清晰的小石片工业系统的石器，为中国乃至东亚地区早期现代人演化自本土古人群的学说提供了重要的考古学证据。

第三，填补了汉中盆地旧石器时代晚期人类洞穴类型居址的空白，对研究早期人类洞穴和旷野阶地两种类型的居址形态和生计方式提供了重要的资料。

第四，出土数量众多、种类丰富的动物化石，且与人类活动密切相关，极大地丰富了秦岭地区晚更新世的动物化石材料。

总之，一系列的重要发现，对研究秦岭地区旧石器时代晚期的人类体质特征、栖居方式、行为方式、石器工业面貌、文化发展演变过程及其环境背景等具有十分重要的价值。